En el pasado, los académicos se encontraban organizados en asociaciones, colegios, claustros, etc., ocupados en aspectos académicos.

En 1975, se empezó a conformar una verdadera y única organización que sólo trataba los aspectos gremiales de los académicos, la AAPAUNAM.

Desde el 16 de noviembre de 1975, cuando el Consejo Universitario aprobó la adición al E P A del Titulo XIII de Condiciones Gremiales, la AAPAUNAM acreditó 5,139 afiliados, con los que fue reconocida como la titular.

El personal académico, el 13 y 14 de noviembre de 1981, en el plebiscito convocado por la Secretaria de Trabajo y Previsión Social, manifestó por voluntad propia que la AAPAUNAM fuera declarada oficialmente como la organización gremial que lo representara.

Los principios de la AAPAUNAM son:

1. Su oposición a la violencia y a la coacción;
   
   
2. Superación y defensa de los derechos laborales del personal académico;
   
   
3. Salvaguarda de la autonomía universitaria;
   
   
4. La pluralidad ideológica y el análisis crítico de los grandes problemas nacionales.

Desde entonces, la AAPAUNAM ha obtenido numerosos logros contenidos en el Contrato Colectivo de Trabajo del Personal Académico, superando en mucho a la Ley Federal de Trabajo, siendo para otras organizaciones gremiales un modelo a seguir.

Por sí solo el lema de la AAPAUNAM: “EL PLURALISMO IDEOLÓGICO, ESENCIA DE LA UNIVERSIDAD”, expresa la diversidad de criterios e ideologías de sus afiliados, que tienen como fin común la defensa de los derechos laborales del Personal Académico.

EN LA AAPAUNAM, TODO TRÁMITE, ASESORÍA, GESTIÓN, ETC. SON GRATUITOS.